La fauna de Puerto Rico es similar a las faunas de otras islas con altos niveles de endemismo y una baja y sesgada biodiversidad taxonómica. los murciélagos son los únicos mamíferos terrestres nativos que todavía existen en Puerto Rico.
Todos los demás mamíferos en el área fueron introducidos por los
humanos, y entre ellos se incluyen especies como los gatos, las cabras,
las ovejas, la mangosta hindú, y monos escapados. Los mamíferos marinos incluyen delfines, manatíes
y ballenas. De las 349 especies de aves, cerca de 120 se crían en el
archipiélago y 47.5% son accidentales o raras. El animal más reconocible
y más famoso de Puerto Rico es probablemente el coquí,
una pequeña rana endémica y una de las 85 especies que abarca el
herpetofauna de Puerto Rico. Habitan en Puerto Rico algunos peces
nativos de agua dulce, pero algunas especies que han sido introducidas
por los humanos, han establecido poblaciones en algunas reservas y ríos.
El patrón de baja riqueza y alta diversidad es también evidente entre
los invertebrados, los cuales constituyen la mayoría de la fauna del
archipiélago.
